Struktur organisasi Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Kabupaten Temanggung, terdiri dari :

1. Kepala Dinas
2. Sekretaris
   1. Kepala Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan
   2. Kepala Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
3. Kepala Bidang Bina Marga
   1. Kepala Seksi Jalan
   2. Kepala Seksi Jembatan
4. Kepala Bidang Sumber Daya Air
   1. Kepala Seksi Bendung dan Irigasi
   2. Kepala Seksi Pengelolaan dan Penataan Sumber Daya Air
5. Kepala Bidang Cipta Karya
   1. Kepala Seksi Penataan Bangunan dan Bina Konstruksi
   2. Kepala Seksi Pengembangan Air Minum
6. Kepala Bidang Penataan Ruang
   1. Kepala Seksi Perencanaan Tata Ruang
   2. Kepala Seksi Pemanfaatan dan Pengendalian Tata Ruang
7. Kelompok Jabatan Fungsional